学院高度重视教学改革工作，不断研究学院的课程设置与教学内容的改革。与此同时，学院推行主干基础课课程主持人制度，并拨专款用于主干基础课的课程建设。由于全院教师员工的共同努力以及社会环境的改变，学院的专业越来越受到考生及考生家长的青睐，招生规模逐年扩大，录取分数稳步提高，同时研究生培养规模也逐年上升。1996年，北大数学学院获得按一级学科授予博士学位的资格，在评审中以较大优势在全国高校和科研院所名列数学类榜首。在2001年国家重点学科评选中，数学科学学院的基础数学、计算数学、应用数学三个专业以满票再次被评为重点学科，概率统计专业首次被评为重点学科。

　　1998年9月，张继平接任数学科学学院院长，继续进行了一系列结构和人事调整，出台了一批制度和措施。1999年北大启动“建设世界一流大学计划”，数学学院相应制定了建设世界一流学院的发展规划，获得数量较大的拨款，极大改善了办学与科研条件。2000年5月，数学科学学院告别沿用二十多年的一院旧址，迁入新竣工的理科一号楼。

　　华罗庚曾云：“宇宙之大，粒子之微，火箭之速，化工之巧，地球之变，生命之秘，日月之繁等各个方面，无处不有数学的重要贡献。”数学科学发展到今天，不仅成为物理、天文等自然科学的基础，计算机等高新技术的生长点，同时也广泛地渗透到金融、统计、经济等传统的社科领域。经过95年的风雨路程，北大数学学院已站在新的历史起点，面临更大的机遇与挑战，辉煌的成绩、历史的责任和对科学的追求，激励和鼓舞着数学学院的广大师生更加脚踏实地努力奋斗，向着世界一流的目标不断迈进。