吴文俊在拓扑学、数学机械化、中国数学史等研究领域均有杰出贡献，在国内外享有盛誉。上世纪70年代，他开创了崭新的数学机械化领域，提出了用计算机证明几何定理的“吴方法”，所取得的成就对数学发展产生了深远的影响。